软件的专利问题涉及申请阶段的撰写、审查阶段的意见答复、无效和诉讼阶段的证据收集、认定和利用以及侵权的判断原则等诸多问题。

       由于计算机软件的特殊性，目前在代理领域对计算机软件的撰写方式尚有不少争论。首先，不是任何软件都能够申请专利，这取决于方案的技术性和主题的大小，只有能够挖掘出技术内容、且能够解决技术问题、独立成主题的软件才能够申请专利；其次，申请专利不但要满足企业商业运作的需求，还要满足获得相应保护范围的权利，以及在无效阶段能够维持权利，在诉讼阶段能够打击对手，然而这些都和专利的处理方式和撰写质量有关系。

         因此，第一，软件的专利申请通常都要写两个独立权利要求――方法要求和装置要求。然而考虑到权利的成立和诉讼阶段的侵权判定等因素，并不是所有的软件都采用一种处理模式，有些需要以装置或系统撰写为主，例如其本质容易归于专利法25条的软件方案；有些则适合写成方法，例如数据的处理过程。软件权利要求的撰写有很多技巧，例如，如果本质是方法，在撰写时最好先使方法的内容充分且完整，以此为基础再写装置，这样能使装置的内容更充实，有利于增加权利要求的成立机会，例如当一个权利要求不成立时，另一个权利要求仍然可能成立。第二，目前在软件权利要求撰写时大多将思路和重点停留在步骤级和单元级。然而，在无效和诉讼时，过多考虑的却是软件具有的特征，由于专利法所述的权利要求是技术特征的集合，因此将撰写思路和重点进一步深入到特征级会使权利要求增加逻辑性和尽可能减少非必要技术特征。第三，由于软件描述的是解决技术问题的思想，与表现形式和表述语言无关，因此，在撰写权利要求和说明书时应脱离软件所采用的语言、硬件平台、软件平台等特征的束缚，最多在说明书中用源代码（最好是类PASCALL语言描述）帮助理解方法中的重要部分。然而软件的特殊性在于，不同的描述技术方法的语言工具有不同的功能和特性，就像有些技术方法依赖一个关键的数据结构一样，也有些方法依赖于具体的语言工具或操作平台，这样方法的权利要求有必要进行依赖式描述，必要时在说明书中用该语言工具描述的源码或操作平台提供的函数、指令等描述的操作参与技术方案的说明。第四，避免用软件的操作过程掩盖方法的实质。总之，软件技术方案不能等同于源代码，源代码不是专利保护的对象，而是对所描述方法的证明。

         在软件的无效过程中涉及用公开存在的事实否定软件专利性的问题，在诉讼过程中也存在侵权证据采集和证明力的问题。软件证据的特征是：1）申请专利的软件技术方法可以变现为多种源代码的表现形式和更多的目标代码存在形式。实际中容易获得的证据，是方法的承载物，例如控制器，但承载物并不能单独用于作为证据。2）作为软件表现形式的源代码和存在形式的目标代码是不可视的，源代码无法运行，实际中几乎无法获得，而目标代码可运行，但其存在方式却是不可琢磨的，例如，其大小、名称是不确定的，在计算机中的存储位置也是不确定的，甚至，目标代码可以随意组合成一个新的存在方式或依附于其他目标代码而自己不单独存在，因此，难以象对待有形物一样获得目标代码作为证据。3）软件的描述和编译过程是不可逆的。尽管一种软件技术方法可以变现为多种以源代码和更多的目标代码，但通过目标代码难以反编译出原来的源代码，就像语言互译难以相互还原一样，因此，即使能够获得目标代码，靠文字式的比对辨别相同或相似几乎也是不可能的。基于上述特征，如果采用对待有形物的方式对待软件，则无法获得无效或侵权证据。

        鉴于上述事实，在当前处理软件的证据问题时，不适于采用普通有形物方法的证据取得和认证方式，而应当根据软件的技术特点制定新的规则，这些规则的特点应当体现出：1）重逻辑而非重物理，即重软特征而非硬特征。2）用逻辑等同取代物理等同，即用逻辑上的功能、方案、效果的等同取代物理上的功能、方案、效果的等同。这是由软件的表现形式和存在形式决定的，例如，在一个公知系统中运行的软件方法，所涉及的执行实体是随意的，举例说，一个图像采集系统的图像数据处理方法，涉及的硬件为摄像机、采集卡和处理计算机，首先，采集卡可以和摄像机或计算机集成为一体，数据处理方法软件通常设置在计算机中，但也可以设置在采集卡中，可见，计算机软件存在方式体现出的特征的是逻辑特征，而非物理特征。另外，物理地对待无形物，例如撰写的虚拟装置权利要求，必然导致无法取证等问题的出现。

        在软件专利的审查过程中，除专利性问题之外，最突出的应当是专利法25条所说的智力活动规则和方法问题，由上述可知，回答和处理此类问题在某种程度上与申请方案的处理方式和技巧有关，因此要求代理人具有较多的软件技术经验和专利法方面的经验。


        总之，尽管目前在专利理论（例如撰写理论）和司法实践（例如涉及软件的侵权判断原则）等方面还有很多需要探索和研究的东西，采用专利法解决计算机软件的保护问题是目前法律环境下能够实施的重要手段。

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